意见不一，但在内阁重臣张居正的力挺下，殷正茂最终被任命为两广总督，肩负起平息叛乱的重任。
1571年九月，古田瑶人的叛乱再次升级，内阁首辅高拱果断决策，任命殷正茂接替李迁，提督两广军务。高拱对殷正茂的评价颇耐人寻味，他认为尽管殷正茂有贪财之嫌，但此人成事之能不容小觑。这一评价反映了明代官场中对人物评价的复杂性，以及对实际成效的重视。
殷正茂的首次考验很快就来临了。倭寇在不到一个月的时间里，突然进犯广东的高、雷等州，打破了这一地区长久以来的平静。面对突如其来的危机，殷正茂展现了冷静与果敢。他反对调遣土兵的传统做法，认为这样做耗时且效果不佳，主张迅速反应，重申赏罚制度，以提振军心。他亲自督军，指挥总兵官张元勋率军驰援，同时动员各路官员协同作战，最终在亲临前线的激励下，官军一举攻克倭寇巢穴，首战告捷。
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然而，胜利的喜悦并未持续太久，倭寇卷土重来，于1572年二月再次发起攻势，广东多地遭受重创。殷正茂深知自己作为军事主官的责任重大，一面积极上报敌情，一面主动承担失职之责。幸运的是，兵部体谅其新任不久，未予深究，而皇帝更是给予了宽慰与勉励，赋予他更大的自主权，要求他对地方事务采取非常规措施，以尽快平定叛乱。
皇帝的信任与支持，成为殷正茂振作士气的重要动力。他迅速调整战略，整顿军纪，四处追剿倭寇。在接下来的几个月里，官军在新宁、高州、雷州等地接连取得胜利，共击溃倭寇数百人。然而，倭寇的攻势并未停止，他们再度侵扰广海、新宁、惠来等地，造成巨大破坏。面对这一严峻形势，殷正茂果断采取行动，不仅调兵遣将，还上奏朝廷，请求严惩失职官员，以此凝聚军心民心。最终，电白知县蒋晓与锦囊所千户侯安邦因弃城逃逸而被逮捕审讯，这一举措有效震慑了军中怠慢之人，稳定了广东沿海的局势。
四、功勋再立
在广东抗倭的同时，殷正茂也面临着地方民众起义的严峻挑战。1572年，肇庆恩平等多地爆发了由陈金莺、罗织清、黄飞莺等领导的反抗活动，加之蓝一清、赖元爵率领的畲人在惠州、潮州山区的起义，局势一度紧张。面对这一系列威胁，殷正茂坚定执行张居正的指令，采取强硬措施，先是对三巢、十寨、十三村的起义进行了有力镇压，随后集结四万大军，对蓝一清等起义军展开大规模清剿。经过三个月的艰苦战斗，消耗军饷5.6万余两，破寨700余所，俘虏和斩杀起义军人，主要头目蓝一清等十余人被公开处决，有效维护了明王朝在岭南的统治秩序。
这一系列战果，不仅稳固了广东的治安，也为官军抵御倭寇提供了更为有利的战略环境。张居正得知殷正茂的战绩后，特地致信褒奖，盛赞其雄才大略，并确认了自己识人的慧眼。基于这些显着功绩，殷正茂累加官至兵部尚书兼右副都御史，成为了明代边疆防御体系中的关键人物。
1574年冬，倭寇再次侵犯双鱼所，面对孤立无援的困境，殷正茂果断应对，一面严惩失职将领，一面紧急调兵增援。他精准预判倭寇动向，布下天罗地网，最终在儒峒一役中大获全胜，歼灭倭寇812人，解救民众61人，缴获大量战利品。紧接着，他又亲自率军在电白重创倭寇，进一步巩固了两广的安全。
1575年，殷正茂调任南京户部尚书，由凌云翼接替其原职。次年，他转任北京户部尚书，结束了长达数年的抗倭生涯。在户部尚书任上，殷正茂继续发挥其理财才能，力劝皇帝节俭，节省资金用于赈灾，展现了其不仅在军事上，也在经济管理方面的卓越能力。
五、被劾去官
殷正茂的晚年并非一帆风顺，而是笼罩在一系列政治风波之中。张居正去世后，朝中权力格局发生剧变，昔日的盟友与政敌纷纷登场，清算张居正的影响力。1583年，即张居正逝世的第二年，一场针对殷正茂的弹劾风暴悄然降临。
御史张应诏率先发难，他指控时任刑部尚书的殷正茂曾以两座金
第174章 殷正茂：明朝军事奇才的双面人生