碇源堂和碇真嗣父子最后走不同的道路，碇源堂不断人类补完，碇真嗣不断重启。之所以父子做了不同的选择，主要还是因为碇源堂的目标是自己内心限定的小爱，只能在内心寻找幸福。
而碇真嗣的目标是大家幸福，这就不是说自己心里认为就够了。碇真嗣吃饱了，不能就认为别人也吃饱了，碇真嗣幸福了，不能就认为别人也幸福了，他无法依靠自己一个人完成目标。
因为目标不同，所以父子走了两条不一样的路。渚薰为什么阻止近第三次冲击？就是知道碇真嗣不会满足于自己和绫波丽过小日子的，他肯定会自责。
如果碇真嗣满足过小日子的话，tv版和旧剧场版里两次的补完，一次补完了自己，一次就剩下自己和明日香，但他都没有接受，而是选择了重启。所以就算碇真嗣从力天使里救出绫波丽，但如果真的发生第三次冲击，那么他肯定不会幸福。所以渚薰阻止了初号机，因为他要帮碇真嗣打出完美结局。
不过近第三次攻击之后，大地也全变红了，已经不适合人类生存，只有葛城美里等人使用净化仪器才能让小范围的土地恢复清洁。更可怜的是碇真嗣还成为了背锅侠，他怎么知道救绫波丽会导致冲击？他根本不知道，更不要说最后还没救出他熟悉的绫波丽。
对碇真嗣来说完美的结局并不是自己的幸福，而是大家的幸福。但这种结局太难了，最后他也只能选择了妥协，他无法把世界变成百分之一百符合自己的心意，那自己也只能退而求其次，改变自己。不去追求每个人的幸福结局，而是删除使徒就好了，剩下的就顺其自然。
删掉了使徒，那么世界也就变得平凡了，大家或许都能在平凡的世界中找到幸福。碇真嗣也不是救世主了，不会把自己的内心强加于社会之上，他不会成为父亲那样的大人。
其实杜兰觉得没有使徒的世界并不好，还是打使徒有意思。
“好了，就这么决定了，以后你和碇唯每年七夕可以见一面，其他的时间你就以普通人的身份活下去吧，别再整幺蛾子了，要是你再搞阴谋诡计，那你每搞一次阴谋，见面时间就缩短十二小时，没有什么好再商量的了。”杜兰表示就是这样决定。
碇源堂心里不高兴，但也不敢违抗，因为杜兰给他的感觉太神秘了，太过无所不能。所以他最后只能说道：“你还说我唯心，我看你才是最唯心的那个，才是最不可理喻的那个。你比恶魔还要邪恶，还要捉弄人。”
“多谢夸奖。”杜兰说道：“不过不是我喜欢作弄人，而是你太不善于改变了。世界上不是所有事情都会按照你的计划运行的，不能说每次遇到不随自己心意改变的东西就是邪恶，就是捉弄。人生在世不如意事常八九，你还是经历了太少。这点你要好好向你儿子学习。”
要是没有杜兰，碇真嗣会先失去母亲，再失去好基友，再失去美少女，最后失去大姐姐，每次都是刚刚得到就立刻失去，而且刚刚想要打起精神做个救世主，就因为作战的不科学，以及使徒的神奇能力，被按在地上摩擦，总是经历险象环生。
碇真嗣各种闹别扭、闹情绪，都无法让事情朝着自己希望的方向发展，最后更是直接补完，只留下他一脸懵逼。打败使徒不是拯救人类么？怎么拯救了人类之后，就是对神经元的大清洗，怎么就是邪恶的补完仪式？他是一脸懵逼，根本不知道为什么会这样。
谷通过一次次碰壁，最后碇真嗣终于认识到了自己和客观世界碰撞的话，自己改变不了客观世界，还是妥协好了。
碇源堂却依靠阴谋诡计控制了神经元，而且一步步地夺取了人类补完计划的主导权。其实对于碇源堂到底是如何成为神经元司令的，并没有太多的介绍，很有可能是碇唯家族的势力帮忙，或者是碇唯自己建立的势力在帮忙。
剧情里只是介绍了碇源堂在大学时候和碇唯谈恋爱，然后加入seele，之后就是成为了司令。成为司令之后他又是通过美男计控制了赤木母女，之后又通过多面间谍加持良治得到了钥匙。然后通过对绫波丽的培养，试图建立补完的通道。最后就是利用儿子驾驶初号机，希望初号机能发挥全部实力消灭所有的使徒。这就是他的布局。
当然过程中司令还有破局，主要就
第两千八百二十一章斗争