八条景定之所以在越前、加贺两国静谧后不久就对南摄津大规模用兵，并非是他好大喜功，而是因为石山御坊是一向宗的总本山，若不将之平定，上杉将军家在近畿诸国将永无宁日。
当然，景定还不忘向本愿寺显如提出和谈条件誓书以及起请文：
一、赦免石山御坊之中所有人等；
二、为谨慎起见，双方应派遣人质；
三、播州英贺御坊在石山御坊开城后停止与当家为敌的举动；
四、由博陆公、上杉黄门侍郎、今川黄门侍郎等人率军接管寺内町，之后并进驻御影堂、阿弥陀堂；
五、石山御坊开城以后，当家将于洛阳龙谷山一带新建西本愿寺，以供前法主本愿寺显如、如春尼等人入驻，三男本愿寺准如为住持；
六、前法主本愿寺显如长男本愿寺教如许可于洛阳乌丸七条一带分立东本愿寺，并担任东本愿寺住持。
七、石山御坊寺内町町众仍能继续居住在寺内町之中。
对于景定所提出的和谈条件，本愿寺显如、如春尼、本愿寺教如、本愿寺准如、下间三家老（下间赖廉、下间仲之、下间赖龙）等人在经过短暂商议后一致同意，因为石山本愿寺眼下已经是到了战既不能战，守又守不久，完全陷入了困境，根本没有更好的选择。
不仅如此，正亲町天皇的长子诚仁亲王也受景定、上杉氏虎二人所托，致信本愿寺显如：“在八条内府、上杉亚相的奔走斡旋之下，将成为佛法繁荣之基础。若贵寺退出石山御坊，则万事合宜。此事也是天子之意，具体事由将由近卫执柄（关白唐名之一）、庭田亚相、劝休寺黄门侍郎等人告知。惶恐惶恐。”
随着朝廷方面的再度介入，石山本愿寺高层迫于形势，只能同意石山御坊开城。
因为，本愿寺显如的死就等于亲鸾以来的血脉断绝，同时也是一向宗法脉的断绝。为了保全法脉的存续，以及重视朝廷权威，本愿寺显如不得不接受世俗权力的支配。
为了体现石山本愿寺一方的诚意，本愿寺显如很快就命亲族、坊官等尽数退出御影堂、阿弥陀堂，并在下令剩余守军全面禁止抵抗、放下武器后，就与如春尼、本愿寺教如、本愿寺准如、下间三家老（下间赖廉、下间仲之、下间赖龙）等人一同退出了石山御坊，在上杉军的护送下前往京都。
同时，本愿寺显如还不忘派遣使者前往播磨各地，号召一向宗信徒停止与上杉将军家对抗。
然而，统辖着‘播磨六坊’的本德寺住持本德寺教什（本愿寺显如妹夫）却公然违背本愿寺显如的‘法旨’，反而号召播磨一国的一向宗信徒继续袭扰备前、摄津、丹波的境目地带，拒不接受与上杉将军家停战议和一事。
为此，本愿寺显如不得不致信本德寺教什的正室、自己的妹妹显妙，要求她尽快说服本德寺教什，不要做无谓抵抗，尽快降服于上杉将军家军门之下才能获得寺院存续。
但是，本德寺教什并没有理会本愿寺显如的一片苦心，反而继续在本德寺中囤积粮草，做好笼城固守的准备。
另一方面，景定也没有为难已经降服的本愿寺显如等石山本愿寺高层，反而以上杉将军家的名义赐予他们每人一百两黄金。对于拒不降服的本德寺教什，景定则是令时任一向宗法主的本誓寺超贤对本德寺进行破门处理。
至此，石山本愿寺正式降服于上杉将军家的军门之下，同时也为长达三年的石山御坊之战画上了休止符。
随着越前、加贺、摄津等国战事的结束，上杉将军家已经消除了腹心之患，在近畿诸国的正统地位也基本稳固，攻略播磨一国的时机已逐渐成熟。
于是，景定就先令山城一国的奉行众河隅忠清、饭田长家等人前往南摄津，对石山本愿寺的寺领进行大规模检地，而后让上杉氏虎担任总大将，上杉景信担任副将，今川氏定担任军奉行，直江景纲担任军粮奉行，赤井直正与波多野秀治二人担任先导役，节制四条虎定、小岛贞兴、三好康长、有马丰氏、池田直正、和田惟长、安宅清康、宇喜多直家、等将，由他们率摄津、丹波、澹路、讃岐、阿波、和泉、河内等国之兵，水陆并进，准备大规模侵攻播磨一国。
第六百零四章 石山开城